Penelitian ini bertujuan untuk menentukan kadar logam berat merkuri pada ikan tongkol (Euthynnus affinis) dan ikan kembung (Rastelliger sp) dari Pasar Namlea Kabupaten Buru yang diuji menggunakan Mercury Analyzer. Hasil pengujian dibandingkan dengan peraturan Standar Nasional Indonesia (SNI) tahun 2009 tentang keamanan pangan untuk ikan dan produk olahannya yaitu sebesar 0,5 mg/kg. Hasil penelitian menunjukkan kadar merkuri yang diperoleh pada ikan tongkol yaitu pada kepala (0,1240 mg/kg), jeroan (0,0507 mg/kg) dan daging (4,805 mg/kg). Sedangkan pada ikan kembung masing-masing sebesar: kepala (0,0252 mg/kg), jeroan (0,0472 mg/kg) dan daging (0,0387 mg/kg). Jika dibandingkan dengan peraturan SNI tahun 2009 maka kadar Hg pada ikan tongkol sudah melewati nilai ambang batas. Sedangkan untuk ikan kembung masih di bawah nilai ambang batas.